Chemische Inhibitoren der N-Deacetylase/N-Sulfotransferase (NDST3) stören die Rolle des Proteins bei der Modulation von Heparansulfatketten durch verschiedene biochemische Mechanismen. Suramin zum Beispiel blockiert die Wirkung der Heparanase, die normalerweise Heparansulfat spaltet. Die Hemmung der Heparanase kann zu einer Anhäufung von Heparansulfatketten führen, wodurch die Fähigkeit von NDST3, diese Moleküle weiter zu verarbeiten, beeinträchtigt wird. Methylthiouracil greift in die Synthese von Schilddrüsenhormonen ein, was indirekt die Sulfotransferase-Aktivitäten, einschließlich der von NDST3, beeinflussen kann. In ähnlicher Weise wirkt Natriumchlorat als Hemmstoff der ATP-Sulfurylase und verringert dadurch die Verfügbarkeit des essentiellen Sulfatspenders PAPS, der für die Sulfatierungsaktivität von NDST3 entscheidend ist.
Brefeldin A und Tunicamycin stören NDST3 durch Mechanismen, die seine Lokalisierung und posttranslationale Modifikation beeinflussen. Brefeldin A stört den Golgi-Apparat, in dem NDST3 lokalisiert ist und arbeitet, und behindert die Sulfatierung von Heparansulfat. Tunicamycin behindert die N-gebundene Glykosylierung, einen für die ordnungsgemäße Funktion von NDST3 notwendigen Prozess. Quercetin hemmt direkt die Sulfotransferasefunktion von NDST3 und reduziert dadurch die Sulfatierung von Heparansulfat. Natriumarsenat beeinträchtigt den Energiestoffwechsel, der für die energieabhängigen Sulfatierungsreaktionen, die NDST3 katalysiert, unerlässlich ist. Lithiumchlorid greift die Glykogensynthase-Kinase 3 (GSK3) an, eine Kinase, die die Funktion von NDST3 beeinflussen kann. Die Inhibitoren Fumonisin B1 und Clioquinol beeinträchtigen NDST3, indem sie die Integrität der Zellmembranen stören bzw. Metallionen chelatisieren. Fumonisin B1 behindert die Synthese von Sphingolipiden, Komponenten der Zellmembran, die für die Zellsignalisierung und membranassoziierte Funktionen von Proteinen wie NDST3 entscheidend sind. Clioquinol chelatiert Zink, einen Cofaktor, der die strukturelle Integrität vieler Enzyme, einschließlich NDST3, aufrechterhält. Trientin schließlich bindet Kupfer, das für verschiedene Enzyme lebenswichtig ist, und seine chelatbildende Wirkung kann die Wirksamkeit von NDST3 bei der Modifizierung von Heparansulfat verändern.