Los inhibidores químicos de la NDST4 actúan a través de varios mecanismos para impedir su actividad sulfotransferasa. La suramina actúa obstruyendo los receptores del factor de crecimiento y las actividades enzimáticas que son cruciales para los procesos de sulfatación que cataliza la NDST4. Cuando se inhiben los receptores del factor de crecimiento, la actividad sulfotransferasa de la NDST4 se ve comprometida, lo que conduce a una disminución de su rendimiento funcional. El clorato actúa como competidor de la captación de sulfato, restringiendo así la disponibilidad del donante de sulfato PAPS esencial para la actividad de la NDST4; esta inhibición competitiva conduce a una reducción de la capacidad de sulfatación de la enzima. El metiltiouracilo, a través de su acción sobre la síntesis de la hormona tiroidea, puede provocar una disminución de la capacidad de sulfatación sistémica, lo que a su vez puede limitar la disponibilidad de reservas de sulfato para la actividad de la NDST4. El bisfenol A puede alterar la actividad de la sulfotransferasa al unirse directamente al sitio activo de las enzimas sulfotransferasas, lo que puede provocar una interferencia directa en el proceso catalítico de la NDST4.
Además de estos inhibidores, compuestos como la quercetina y el triclosán exhiben sus efectos inhibidores compitiendo con la PAPS o alterando la estructura de la enzima, respectivamente, impidiendo así la función enzimática de la NDST4. También se sabe que el ácido elágico y el pentaclorofenol se unen al sitio activo o a regiones críticas de la enzima, provocando una disminución de la actividad sulfotransferasa de la NDST4. Del mismo modo, la clorpromazina y la desipramina pueden inhibir la NDST4 cambiando la conformación de la enzima o interactuando con su sitio activo. El miconazol, aunque se conoce principalmente como inhibidor de las enzimas del citocromo P450, ha demostrado inhibir las enzimas sulfotransferasas, incluida la NDST4, al interactuar con el sitio activo de la enzima. Por último, el Ketoconazol, a través de su inhibición de las enzimas del citocromo P450, puede influir indirectamente en los procesos de sulfatación, afectando así a la actividad de la NDST4. La acción colectiva de estos inhibidores conduce a una reducción sustancial de la capacidad de la NDST4 para transferir grupos sulfato a sus sustratos.