TFIIIB 的化学抑制剂以转录机制和相关细胞过程的各个方面为目标,从而达到抑制的目的。雷公藤内酯直接抑制 RNA 聚合酶 II 的活性,而 RNA 聚合酶 II 对 TFIIIB 的转录活性至关重要,从而导致其功能减弱。同样,α-芒硝与 RNA 聚合酶 II 结合并对其产生抑制作用,导致 TFIIIB 依赖的转录停止。DRB 被称为 5,6-二氯-1-β-D-呋喃核糖基苯并咪唑,其作用是抑制 RNA 聚合酶 II 的磷酸化(这是转录延伸所需的重要翻译后修饰),从而阻碍 TFIIIB 的功能。放线菌素 D 能插入 DNA,阻止包括 TFIIIB 在内的转录复合物的形成,而喜树碱能捕获 DNA-拓扑异构酶 I 复合物,从而阻止涉及 TFIIIB 的转录进程。黄酮哌啶醇抑制 CDK9,CDK9 是正转录延伸因子 b(P-TEFb)的一部分,而 CDK9 又是 TFIIIB 充分发挥功能所必需的。
针对 DNA 拓扑结构和染色质结构的药物可进一步抑制 TFIIIB。ICRF-193和ICRF-187都能与DNA拓扑异构酶II结合,后者是一种能改变DNA拓扑状态的酶,对RNA聚合酶II的转录和TFIIIB的活性至关重要。Leptomycin B 通过与 exportin 结合破坏核输出,导致某些转录因子的核可用性降低,并可能因转录因子浓度不足而降低 TFIIIB 的活性。虫草素会导致 mRNA 合成过早终止,从而降低 TFIIIB 的转录活性。Trichostatin A 可抑制组蛋白去乙酰化酶,导致染色质结构发生变化,从而降低 TFIIIB 的转录活性。最后,奥沙利铂会形成 DNA 加合物和链间交联,阻碍 RNA 聚合酶 II 的进展,从而抑制 TFIIIB 的转录参与。每种化学物质都通过与转录机制或 DNA 底物的不同相互作用来发挥抑制作用,最终削弱 TFIIIB 的功能能力。
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