MIPEP 的化学抑制剂通过各种机制对该蛋白质的线粒体环境及其依赖 ATP 的催化活性产生抑制作用。例如,寡霉素 A 以线粒体 ATP 合成酶为靶标,大大减少了 MIPEP 发挥作用所依赖的 ATP 池。同样,抗霉素 A 和罗替诺酮也会分别破坏线粒体电子传递链上的复合体 III 和 I,导致 ATP 生成减少,而 ATP 是 MIPEP 发挥活性所必需的。叠氮化钠对复合体 IV 中细胞色素 c 氧化酶的抑制进一步减少了 ATP 的合成,对 MIPEP 依赖能量的运作提出了挑战。作为解偶联剂的 CCCP 可消除线粒体膜上的质子梯度,这是对 ATP 生成的又一次打击,进而也打击了 MIPEP 的活性。
干扰对 MIPEP 的结构和功能至关重要的金属离子的化合物也会对其产生抑制作用。氯化锌能与金属蛋白酶结构域所需的金属离子竞争,从而直接抑制 MIPEP。同样,氯化镉也能取代这些必需金属,阻碍 MIPEP 的酶解过程。2-Thenoyltrifluoroacetone 能螯合 Mg2+ 离子,从而使 MIPEP 无法发挥依赖金属的酶作用。Carboxin和别嘌呤醇分别对琥珀酸脱氢酶和黄嘌呤氧化酶产生影响,从而通过改变线粒体功能和 ATP 的可用性间接抑制 MIPEP。四环素的钙结合作用可通过破坏线粒体的钙平衡间接影响 MIPEP。奥拉诺芬以硫代氧化还原酶为靶标,可引起线粒体内氧化还原状态的改变,这种情况可能会抑制线粒体蛋白(如 MIPEP)的正常功能。
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